Dem Wissenschaftlichen Beirat gehören Historiker, Politikwissenschaftler, Staatsrechtler und Museumsfachleute an. Er berät das Kuratorium und den Präsidenten der Stiftung im Rahmen des gesetzlichen Auftrags, insbesondere bei der konzeptionellen Vorbereitung der Wechselausstellungen und bei der inhaltlichen Arbeit an der Dauerausstellung. Zudem ist er ein wichtiger Garant für die Unabhängigkeit der Stiftung von äußerer Einflussnahme. Vorsitzender des Wissenschaftlichen Beirats ist Prof. Dr. Lothar Gall.